U maju 2007, posle četiri godine, završeno je suđenje za ubistvo premijera Srbije. Pripadnici JSO-a Milorad Ulemek Legija i Zvezdan Jovanović i pripadnici Zemunskog klana, osuđeni su prvostepenom presudom na ukupno 378 godina zatvora. Čitajući obrazloženje presude, koja je doneta u ime naroda, predsedavajuća Sudskog veća Nata Mesarović je rekla: "Doktor Zoran Đinđić ubijen je u vreme nakon demokratskih promena u Srbiji, kada je većina građana ove zemlje verovala da je u Srbiji došlo vreme kada se Srbija može promeniti. Neću govoriti o tome koliko nam je bilo teško da postupamo u ovom krivičnom postupku. Mislim da je najteže od svega saznanje da živimo u zemlji u kojoj predsednika Vlade, kao predstavnika državnog organa jedne zemlje, može ubiti organizovana kriminalna, neprijateljska, organizacija, i to u dvorištu zgrade Vlade, radi ostvarenja svojih kriminalno-političkih interesa. U konkretnom slučaju, to nije bilo obično ubistvo. Radi se o krivičnom delu koje je upereno protiv države." Prvostepenom presudom Specijalnog suda osuđeni su oni koji su bili na optužnici. Inspiratori i nalogodavci ubistva premijera Srbije u ovom sudskom postupku nisu otkriveni.