Nepokolebljivi junaci stripa još jednom oživljavaju na malim ekranima boreći se sa zlim "Foot" klanom i njihovim vođom Šrederom, koji želi svet zaraziti opasnim radioaktivnim blatom.
U ovom nastavku Nindža kornjače, Donatelo, Mikelanđelo, Leonardo i Rafael, koji su ljudske veličine i savršeno poznaju borilačke veštine, sa svojim mentorom Splinterom, kao mudrim golemim štakorom, sele iz kanalizacije u stan svojega saveznika i novinara Aprila. U međuvremenu se Šreder, zli vođa zloglasnog "Foot" klana, za kojega su kornjače mislile da je mrtav, odjednom pojavljuje i ujedinjuje snage koje žude za osvetom. U ovom nastavku kornjače saznaju kako su postale mutirane nindže koje hodaju, pričaju i karateom svladavaju zle i pokvarene. Ali, prije nego otkriju istinu, pretiče ih zli Šreder koji ima svoje planove. Nindže će još jednom morati spasavati svet.