Mikelanđelo, Donatelo, Leonardo i Rafaelo su ponovo s nama u bici protiv većih i opasnijih zlikovaca, zajedno sa Ejpril O'Nil, Vernom Fenvikom i novajlijom Kejsijem Džounsom, odmetnikom sa hokejaškom maskom. Kad superzlikovac Sekač pobegne iz zatvora, udružuje se sa ludim naučnikom Baksterom Stokmanom i dvojicom tupavih pomoćnika, Bibopom i Rokstedijem, da bi ostvarili pokvareni plan da preuzmu kontrolu nad svetom. Dok se kornjače spremaju da poraze Sekača i njegovu novu ekipu, suočavaju se sa još većom pretnjom koja ima slične namere: ozloglašenim Krangom.