Posle pet godina bavljenja natprirodnim pojavama i najneobičnijim slučajevima, vlada zatvara Dosijee X. Agenti Foks Molder (Dejvid Duhovni) i Dejna Skali (Gilian Anderson) dobiju jednostavnije zadatke – kao što je pronalaženje bombe u jednoj zgradi. Njih dvoje pronađu bombu ali ne uspeju da je deaktiviraju. Stavljeni su pod istragu čiji je cilj da u potpunosti uništi njihov odnos. Uprkos tome, Molder, uz pomoć prijatelja njegovog oca, paranoičnog doktora Alvin Kurcvajl (Martin Landau) dolazi do informacija koje ukazuju na to da je čovečanstvo u velikoj opasnosti. Molder i Skali rizikuju svoje živote kako bi pronašli smrtnonsni virus vanzemaljskog porekla i spriječili katastrofu koja preti uništenju života na našoj planeti.