Hitman: Agent 47 predstavlja vrhunac decenija istraživanja i klon je prijašnjeg Agenta 46. Nepredvidive je snage i brzine te natprosečne inteligencije. Njegova je poslednja meta je korporacija koja želi otkriti njegovu tajnu prošlosti kako bi stvorili vojsku još kvalitetnijih ubica.
Na ovom će zadatku Agent 47 saznati puno toga o svojem poreklu, ali i upoznati devojku, jedinu koja ima informaciju koju korporacija želi. Upravo zbog nje Agent 47 započet će bitku sa svojim najsmrtonosnijim neprijateljem.