Priča u filmu počinje 2035. godine. Tajanstveni virus je krajem 1996. počistio čovečanstvo, a preživeli su se sklonili u podzemlje. Uspevaju da naprave vremensku mašinu i u prošlost šalju Džejmsa Kola sa zadatkom da otkrije tajanstvenu armiju dvanaest majmuna koja je, kako legenda kaže, raširila virus. Naš junak greškom dospeva u 1990. godinu i tamo, zbog svoje priče završava u ludnici.