U novostvorenoj južnoslavenskoj zajednici (Kraljevina SHS / Kraljevina Jugoslavija) Pilar je svojim nepodobnim političkim uverenjima bio vlasti "persona non grata". Politički i policijski progonjen više ne deluje javno, a 3. septembra 1933. dr. Ivo Pilar pronađen je mrtav u svojoj spavaćoj sobi. Iako je njegova prerana smrt do danas ostala zaogrnuta velom tajne, sa sigurnošću se može reći da je on bio još jedna u nizu hrvatskih žrtava koje su pale u versajskoj državnoj tvorevini nazvanoj Jugoslavija. Danas, u samostalnoj i slobodnoj Republici Hrvatskoj, Institut društvenih nauka u Zagrebu sa ponosom nosi ime dr. Ive Pilara, donedavno prećutivanog intelektualca čija nam je misaona baština i danas pouzdani svetionik u našim uzburkanim vremenima.