„Begunci“ je priča o neuspelom krijumčarenju droge na granici između Čilea i Bolivije, četvorici ljudi unajmljenih da izvedu tu operaciju i stvarnim igračima koji stoje iza svega. Na početku druge sezone pojavljuju se novi likovi i novi događaji, zajedno sa novim tajanstvenim likom koji traži izgubljenu moć i bogatstvo. Radnja se prenosi na sever Čilea, savršeno mesto za skrivanje i smišljanje novih planova. Međutim, kad se pojave dva begunca, svi planovi padaju u vodu i junaci ponovo moraju da beže iz pustinje, vraćajući se potrazi za slobodom i pravdom. Begunci još jednom rizikuju svoje živote dok ih jure neprijatelji i vlada, koja je izgleda umešana u složenu mrežu korupcije.