Zbog toga što je Es-En-Em-ov operativac Itan Hant okrivljen za terorističko bombardovanje Kremlja, predsednik će pokrenuti "Protokol Duh" i poreći bilo kakvu povezanost sa njim i ostatkom agencije. Ostavljen bez sredstava i podrške, Itan će morati da pronađe način da skine ljagu sa imena agencije i spreči ponovni napad. Stvari se dodatno komplikuju kad Itana nateraju da na ovu misiju krene sa timom Es-En-Em-ovih kolega begunaca čije lične motive ne zna u potpunosti.