Spašavajući smrtno ranjenu Triniti (C.-A. Mos) i boreći se protiv agenta Smita (H. Viving), okretni Neo (K. Rives), Izabrani kojem je proročica Orakl (G. Foster) predvidela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih mašina, i sam je teško ranjen i pao je u komu.
Dok on na virtuelnoj stanici metroa mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra (B. Vajt), otac devojčice Sati (T. Atval), i zagonetni Skretničar (B. Spens), Morfeus, Triniti i Dečak (C. Vetson) suprotstavljaju se zlom Merovingu. Kad se vratio među žive, Neo je shvatio da se mora vratiti izvoru i spoznati samog sebe, jer agent Smit svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji.
Od ishoda njihovog sukoba zavisi budućnost čovečanstva i pobeda nad Matricom. U međuvremenu, mašine se približavaju Sionu, a u obrani kolonije učestvuje i odvažna Zi (N. Gaje), žena Neovog saborca Linka (H. Perineu ). Istovremeno, izdajnik Bejn (I. Blis) ubistvom doktorke pokazuje svoje pravo lice.