Nakon što se borio sa opakim zmajem, spasio prekrasnu princezu i oslobodio čitavo kraljevstvo – kakav bi zadatak još mogao postojati u životu slavnog Šreka? Odgovor je jasan: porodica, odnosno svakodnevna bitka sa malim nestašnim Šrekićima. Međutim, sve će to biti kratkog veka, jer će Šrek ubrzo upoznati lukavog Rumpelstiltskina i iznenada se naći u potpuno drugoj dimenziji, alternativnoj budućnosti u kojoj se on i Fiona nikad nisu susreli, u kojoj je baš on ugrožena vrsta, a Rumpelstiltskin kralj!
Naravno, jedino je Šrek taj koji će moći ispraviti novonastalu situaciju, spasiti prijatelje, obnoviti kraljevstvo i ponovno pronaći svoju pravu, jedinu ljubav.