U četvrtom veku nove ere Egiptom vlada Rimsko Carstvo, a zemlju potresaju snažni religijski sukobi. Aleksandrijskom knjižnicom rukovodi otmena, mudra i iznimno obrazovana Hipatija (R. Weisz). Dok se bori za očuvanje drevnih knjiga u kojima je sačuvana mudrost predaka, Hipatija istražuje moguću heliocentričnost Sunčeva sistema, zbog čega dolazi u sukob sa crkvenim dogmama i vođom hršćana Kirilom (S. Samir). Hipatijini najbliži saradnici su oštroumni i privilegirani Orestes (O. Issacs), jedan od njezinih studenata, te mladi rob Davus (M. Minghella), koji je baš kao i Orestes zaljubljen u nju. No Davusa razdire borba između odanosti Hipatiji i čežnje za slobodom koju bi mogao ostvariti ako se pridruži hršćanima. Nakon što knjižnica bude opljačkana, sukob između Židova i hršćana će eskalirati, a kad hršćani zavladaju gradom, odmah će biti naređeno pokrštavanje vlastele i svih uticajnijih ljudi, pa tako i neukrotive i odlučne Hipatije...